故事延续上一集的剧情，母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球核心的深处，而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡逻舰大举进攻。他们的唯一希望

          《黑客Ⅲ》的结尾绝不会是简单的人类从“母体”中获得自由，战胜机器，并且开始利用机器重建家园————这用不着革命；也更加不会是虚拟游戏套虚拟游戏，这太恶俗。

          《黑客帝国》是又一套向“人类中心说”说不的电影，《黑客Ⅲ》所谓的革命应该对人工智能哲学中人与机器关系的这一观念的革命：没有绝对的真实，没有绝对的自由，没有绝对的奴役，也没有绝对的控制与被控制。《黑客帝国》的革命性答案会是机器和人类在“母体”中共生：在“母体”内部，人类和机器的表像达成和谐共存；在外部，人类和机器的物质组成达成和谐共存，以使双方都能在黑暗的地球上存活下去。

          《黑客帝国》将会谱写人与机器关系的新篇章，其观念上的冲击力与历史意义甚至要超过机器人三定律。